Le programme doctoral en économie s’appuie sur le centre de recherche LEDA et a pour objectif la formation de docteurs en économie théorique et appliquée.
Les champs de recherche couverts par le programme sont, entre autres : l'économie internationale, l'économie du développement, la théorie des jeux, l'économie de la santé, l'économie de l'énergie, l'économie financière, la macroéconomie et l'économie publique.
Le programme doctoral en économie accueille des étudiants issus des Masters l’Université Paris Dauphine ainsi que des étudiants issus de masters d’autres universités françaises ou étrangères, tous inscrits en thèse à Paris Dauphine.